取下已经完成冲洗的色谱柱，并用死堵密封保存，放到固定的位置；换上两通，将流动相置换成50%的甲醇水溶液，以0.4mL/min流速冲洗60min；流动相和洗针液置换成100%甲醇，并进行流动相管路及自动进样器管路排气。再以0.4mL/min流速冲洗管路20min。停止真空系统：打开[System Control]窗口，单击[Auto Shutdown]。如果加热块和DL的温度降至100℃以下，三入口涡轮分子泵和机械泵即停止，且真空系统的内部将开放下降至大气压力。
退出LabSolutions，停止LC和MS的运行，关闭所有打开的窗口，并在shutdown界面勾选所有项目并单击[OK]。最后使用DL Plug堵住DL入口。
关闭液相色谱各单元和质谱单元电源；
关闭氮气发生器电源或液氮罐总气阀、关闭氩气钢瓶总气阀；
清空废液瓶、检查废气管位置。
